A remoção de pólipo é realizada durante a endoscopia ou durante a colonoscopia, esse procedimento é conhecido como polipectomia. O procedimento será realizado com o paciente sedado, o médico endoscopista removerá os pólipos com uma pinça ou com uma alça de polipectomia. É realizado em caráter ambulatorial, ou seja, não há necessidade de internamento, após a recuperação anestésica o paciente receberá alta e orientações médicas. 

A polipectomia é um procedimento importante, pois alguns pólipos podem evoluir para câncer, assim a retirada desses pólipos pode prevenir câncer do aparelho digestivo. Os pólipos retirados serão encaminhados para um laboratório de patologia a fim de diagnosticar o tipo do pólipo. Após esse resultado o médico indicará como será o acompanhamento do paciente, ou seja, quando será a nova endoscopia ou colonoscopia para investigação de novos pólipos.