Para realizar esse exame o paciente deverá ingerir medicações laxativas para uma limpeza do intestino grosso para que o médico possa avaliar bem essa região, assim após o agendamento do exame o paciente receberá orientações sobre o preparo do cólon e sobre o jejum. O exame é realizado pelo médico endoscopista com o paciente sedado em uma clínica ou em um hospital. Após a sedação, o médico introduzirá o aparelho de colonoscopia pelo canal anal do paciente para avaliar o intestino grosso. 

O exame auxilia no diagnóstico de muitas patologias do aparelho digestivo como pólipos, tumores, inflamações do intestino (colites) e doença diverticular. 

As principais indicações deste exame são para rastreamento do câncer colorretal e para investigação de diarreia crônica, de perda de peso, de anemia, de dor abdominal, de hemorragia digestiva e de sangue oculto positivo nas fezes. O câncer colorretal é um câncer que pode ser prevenível através do diagnóstico de pólipos do intestino seguida da sua remoção através da colonoscopia, assim, mesmo que o paciente não apresente sintomas é indicado que a partir de 45 anos de idade ele seja submetido a colonoscopia para investigação de pólipos no cólon e assim prevenção do câncer colorretal.